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Mecánica molecular

Índice Mecánica molecular

La mecánica molecular es una técnica de simulación que utiliza la mecánica clásica para emular sistemas moleculares.

26 relaciones: Algoritmo de Metropolis-Hastings, Algoritmo de recocido simulado, Alquilo, Aminoácido, Aproximación de Born-Oppenheimer, Ácido nucleico, Benceno, Campo de fuerza (química), Compuesto orgánico, Energía potencial, Gaussian, Hipótesis de ergodicidad, Ley de Coulomb, Ley de elasticidad de Hooke, Longitud de enlace, Método de Montecarlo, Mecánica clásica, Metileno, Modo normal, Monómero, Oscilador armónico, Polisacárido, Potencial de Lennard-Jones, Potencial de Morse, Proteína, Radio de Van der Waals.

Algoritmo de Metropolis-Hastings

En estadística y física estadística, el algoritmo Metropolis-Hastings es un método de Monte Carlo en cadena de Markov para obtener una secuencia de muestras aleatorias a partir de una distribución de probabilidad a partir de la cual es difícil el muestreo directo.

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Algoritmo de recocido simulado

Simulated annealing (SA), también llamado temple simulado, recocido simulado, cristalización simulada o enfriamiento simulado, es un algoritmo de búsqueda metaheurística para problemas de optimización global; el objetivo general de este tipo de algoritmos es encontrar una buena aproximación al valor óptimo de una función en un espacio de búsqueda grande.

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Alquilo

El grupo funcional alquilo (nombre derivado de alcano con la terminación de radical -ilo) es un sustituyente, formado por la separación de un átomo de hidrógeno de un hidrocarburo saturado o alcano, para que así el alcano pueda enlazarse a otro átomo o grupo de átomos.

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Aminoácido

Un aminoácido (a veces abreviado como AA), es una molécula orgánica con un grupo amino (-NH2) y un grupo carboxilo (-COOH) en un extremo.

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Aproximación de Born-Oppenheimer

Una de las aproximaciones fundamentales de la mecánica cuántica es el desacoplamiento de los movimientos electrónico y nuclear, conocida como aproximación de Born-Oppenheimer.

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Ácido nucleico

Los ácidos nucleicos son grandes polímeros formados por la repetición de monómeros denominados nucleótidos, unidos mediante enlaces fosfodiéster.

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Benceno

El benceno es un hidrocarburo aromático de fórmula molecular C6H6 (originariamente a él y sus derivados se le denominaban compuestos aromáticos debido a la forma característica que poseen).

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Campo de fuerza (química)

En el contexto de la química y el modelado molecular, un campo de fuerza es un método computacional que es utilizado para estimar las fuerzas entre los átomos dentro de las moléculas y también entre diferentes moléculas.

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Compuesto orgánico

Compuesto orgánico o molécula orgánica es un compuesto químico que contiene carbono, formando enlaces carbono-carbono y carbono-hidrógeno.

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Energía potencial

La energía potencial es la energía mecánica asociada a la localización de un cuerpo dentro de un campo de fuerzas (e.g. gravitatorio, electrostático, etc.) o a la existencia de un campo de fuerza en el interior de un cuerpo (energía elástica).

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Gaussian

GAUSSIAN es un software comercial de uso en química teórica, lanzado inicialmente en 1970 por John Pople y su grupo de investigación en la Universidad Carnegie-Mellon como Gaussian 70.

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Hipótesis de ergodicidad

En física y termodinámica, la hipótesis de ergodicidad establece que, sobre un período prolongado de tiempo, el tiempo de permanencia en una región dada del espacio de fase de micro estados con la misma energía es proporcional al volumen de la región, o sea todos los micro estados accesibles son igualmente probables a lo largo de un período prolongado.

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Ley de Coulomb

La ley de Coulomb, nombrada en reconocimiento del físico francés Charles-Augustin de Coulomb (1736-1806), que enunció en 1785 y forma la base de la electrostática, puede expresarse como: La constante de proporcionalidad depende de la constante dieléctrica del medio en el que se encuentran las cargas.

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Ley de elasticidad de Hooke

En física, la ley de elasticidad de Hooke o ley de Hooke, originalmente formulada para casos de estiramiento del PN, establece que el alargamiento unitario que experimenta un cuerpo elástico es directamente proporcional a la fuerza aplicada sobre el mismo (F): \epsilon.

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Longitud de enlace

En geometría molecular, la longitud de enlace o distancia de enlace es la distancia media en el tiempo entre los núcleos de dos átomos unidos mediante un enlace químico en una molécula.

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Método de Montecarlo

El método de Montecarlo es un método no determinista o estadístico numérico, usado para aproximar expresiones matemáticas complejas y costosas de evaluar con exactitud.

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Mecánica clásica

La mecánica clásica es la rama de la física que estudia las leyes del comportamiento de cuerpos físicos macroscópicos (a diferencia de la mecánica cuántica) en reposo y a velocidades pequeñas comparadas con la velocidad de la luz.

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Metileno

En la química, el metileno o meteno es un grupo funcional bivalente CH2 derivado formalmente del metano.

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Modo normal

Un modo normal de un sistema oscilatorio es un patrón de movimiento en el cual todos sus componentes oscilan en forma senoidal con la misma frecuencia y una relación constante entre sus fases.

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Monómero

Un monómero (del griego mono, ‘uno’, y mero, ‘parte’) es una molécula de pequeña masa molecular que está unida a otros monómeros, a veces cientos o miles, por medio de enlaces químicos, generalmente covalentes, formando macromoléculas llamadas polímeros.

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Oscilador armónico

Se dice que un sistema cualquiera, mecánico, eléctrico, neumático, etc., es un oscilador armónico si, cuando se deja en libertad fuera de su posición de equilibrio, vuelve hacia ella describiendo oscilaciones sinusoidales, o sinusoidales amortiguadas en torno a dicha posición estable.

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Polisacárido

Los polisacáridos son macromoléculas formadas por la unión de una gran cantidad de monosacáridos.

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Potencial de Lennard-Jones

Un par de átomos o moléculas neutros están sujetos a dos fuerzas distintas en el límite de una gran separación y de una pequeña separación: una fuerza atractiva actúa a grandes distancias (fuerzas de dispersión) y una fuerza repulsiva actuando a pequeñas distancias (el resultado de la sobreposición de los orbitales electrónicos, conocido como la repulsión de Pauli).

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Potencial de Morse

El potencial de Morse, nombrado así en honor al físico Philip M. Morse, es un modelo conveniente para la energía potencial de una molécula diatómica.

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Proteína

Las proteínas o prótidos son macromoléculas formadas por cadenas lineales de aminoácidos.

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Radio de Van der Waals

El radio de Van der Waals es el radio de una esfera sólida imaginaria empleada para modelizar el átomo y representa la mitad de la distancia más cercana posible de aproximación entre dos átomos o moléculas en una interacción no enlazante, por medio del campo de fuerza molecular en el ámbito de predomino de las fuerzas de repulsión entre los átomos del gas.

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