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T-Coffee

Índice T-Coffee

En bioinformática, T-Coffee (del inglés Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation; en español: función objetivo de coherencia basada en árbol para evaluación de alineamientos) es un software para el alineamiento múltiple de secuencias, utilizando un enfoque progresivo.

9 relaciones: Alineamiento múltiple de secuencias, Bioinformática, Clustal, Formato FASTA, GNU General Public License, GNU/Linux, MacOS, Protein Data Bank, Unix.

Alineamiento múltiple de secuencias

Un alineamiento múltiple de secuencias (Multiple sequence alignment MSA, por sus siglas en inglés) es un alineamiento de tres o más secuencias biológicas, generalmente proteínas, ADN o ARN.

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Bioinformática

La bioinformática puede definirse, de manera general, como la aplicación de tecnologías computacionales y la estadística a la gestión y análisis de datos biológicos.

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Clustal

Clustal es una familia de programas informáticos ampliamente utilizados para realizar alineamientos múltiples de secuencias.

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Formato FASTA

En bioinformática, el formato FASTA es un formato de fichero informático basado en texto, utilizado para representar secuencias de ácidos nucleicos, de péptido, y en el que los pares de bases o los aminoácidos se representan usando códigos de una única letra.

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GNU General Public License

La Licencia Pública General de GNU o más conocida por su nombre en inglés GNU General Public License (o simplemente sus siglas en inglés GNU GPL) es una licencia de derecho de autor ampliamente usada en el mundo del software libre y código abierto, y garantiza a los usuarios finales (personas, organizaciones, compañías) la libertad de usar, estudiar, compartir (copiar) y modificar el software.

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GNU/Linux

GNU/Linux (pronunciado oficialmente como ñu linux o también ge-ene-u linux en español), es una familia de sistemas operativos tipo Unix compuesto por software libre y de código abierto.

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MacOS

macOS (previamente, luego) es una serie de sistemas operativos gráficos desarrollados y comercializados por Apple desde 2001. Es el sistema operativo principal para la familia de computadoras Macintosh de Apple. Dentro del mercado de computadoras de escritorio, portátiles, hogareñas y mediante el uso de la web, fue por años el segundo sistema operativo de escritorio más utilizado, después de Microsoft Windows, hasta 2021. macOS es la segunda serie importante de sistemas operativos Macintosh. El primero se llama coloquialmente el Mac OS "clásico", que se introdujo en 1984, y cuyo lanzamiento final fue Mac OS 9 en 1999. La primera versión de escritorio, Mac OS X 10.0, se lanzó en marzo de 2001, con su primera actualización, 10.1, llegando más tarde ese año. Después de esto, Apple comenzó a poner nombres de los grandes felinos en sus lanzamientos, que duró hasta OS X 10.8 Mountain Lion. Desde OS X 10.9 Mavericks, las versiones han sido nombradas en hitos en California. Apple acortó el nombre a "OS X" en 2012 y luego lo cambió a "macOS" en 2016, adoptando la nomenclatura que estaban usando para sus otros sistemas operativos, iOS, watchOS y tvOS. La última versión es macOS Sonoma, que se lanzó al público en junio de 2023. Entre 1999 y 2009, Apple vendió una serie separada de sistemas operativos llamada Mac OS X Server. La versión inicial, Mac OS X Server 1.0, se lanzó en 1999 con una interfaz de usuario similar a Mac OS 8.5. Después de esto, se presentaron nuevas versiones al mismo tiempo que la versión de escritorio de Mac OS X. A partir de Mac OS X 10.7 Lion, las funciones del servidor se pusieron a disposición como un paquete separado en Mac App Store. macOS se basa en tecnologías desarrolladas entre 1985 y 1997 en NeXT, una compañía que el cofundador de Apple, Steve Jobs, creó después de dejar la compañía. La "X" en Mac OS X y OS X es el número romano para el número 10 y se pronuncia como tal. La X fue una parte prominente de la identidad de marca y comercialización del sistema operativo en sus primeros años, pero gradualmente retrocedió en importancia desde el lanzamiento de Snow Leopard en 2009. Se logró la certificación UNIX 03 para la versión Intel de Mac OS X 10.5 Leopard y todos los lanzamientos de Mac OS X 10.6 Snow Leopard hasta la versión actual también tienen la certificación UNIX 03. macOS comparte su núcleo basado en Unix, llamado Darwin, y muchos de sus frameworks con iOS, tvOS y watchOS. Una versión muy modificada de Mac OS X 10.4 Tiger se utilizó para la primera generación de Apple TV. Las versiones de Mac OS X de 1999 a 2005 pueden ejecutarse solo en los Mac basados en PowerPC de ese período de tiempo. Después de que Apple anunciara que cambiarían a CPUs de Intel a partir de 2006, se fabricó y distribuyó una versión separada de Mac OS X 10.4 Tiger exclusivamente con las primeras Mac basadas en Intel; incluía un emulador conocido como Rosetta, que permitía a los usuarios ejecutar la mayoría de las aplicaciones PowerPC en equipos Mac basados en Intel Mac OS X 10.5 Leopard fue la única versión que se creó como un binario universal, lo que significa que el disco de instalación admitió procesadores Intel y PowerPC. Mac OS X 10.6 Snow Leopard fue la primera versión disponible exclusivamente para equipos Mac basados en Intel. En 2011, Apple lanzó Mac OS X 10.7 Lion, que ya no soportaba procesadores Intel de 32 bits y tampoco incluía a Rosetta. Todas las versiones del sistema lanzado desde entonces se ejecutan exclusivamente en CPU Intel de 64 bits y no son compatibles con las aplicaciones PowerPC. En 2020, Apple anunció que, empenzando en 2020, los Mac nuevos tendrán sus propios CPUs, basados en la arquitectura ARM. Estos macs siguen soportando aplicaciones de Intel, y nuevas versiones de macOS tendrán el software de emulación Rosetta 2. macOS Big Sur es la primera versión de macOS que soporta Macs basados en ARM y Intel.

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Protein Data Bank

Protein Data Bank (PDB) (Banco de Datos de Proteínas) es una base de datos de la estructura tridimensional de las proteínas y ácidos nucleicos.

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Unix

Unix (registrado oficialmente como UNIX®) es un sistema operativo portable, multitarea y multiusuario; desarrollado en 1969 por un grupo de empleados de los laboratorios Bell de AT&T.

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