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70 relaciones: Algoritmo de recocido simulado, Algoritmo genético, Algoritmo Needleman-Wunsch, Algoritmo Smith-Waterman, Alineamiento múltiple de secuencias, Aminoácido, Ancestro común más reciente, Apilamiento, Ácido desoxirribonucleico, Ácido ribonucleico, Árbol filogenético, Bioinformática, BLAST, BLOSUM, Catálisis, Código abierto, Clustal, Coalescencia, Codón, Cristalografía de rayos X, Diagonal principal, EMBOSS, Enzima, Espectroscopía de resonancia magnética nuclear, Estructura primaria de las proteínas, Estructura secundaria de las proteínas, Estructura terciaria de las proteínas, Evolución biológica, Evolución convergente, FASTA, Filogenia, Fraternidad Sacerdotal de San Pedro, Gen, GenBank, Genoma, Heurística, Hidrófobo, Indel, Lingüística, Lingüística comparativa, Logo de secuencias, Marco abierto de lectura, Margaret Oakley Dayhoff, Matriz (matemática), Matriz de sustitución, Mecanismo de reacción, Memoria (informática), Modelo oculto de Márkov, Mutación por desplazamiento del marco de lectura, Mutación silenciosa, ..., NP-completo, NP-hard, Nucleótido, Optimización (matemática), Optimización global, Point accepted mutation, Predicción de la estructura de las proteínas, Probabilidad, Procesamiento de lenguajes naturales, Programación dinámica, Proteína, Protein Data Bank, Raíz del error cuadrático medio, Reloj molecular, Reparación del ADN, Secuencia conservada, Selección natural, Serie temporal, Sitio activo, T-Coffee. Expandir índice (20 más) »
Algoritmo de recocido simulado
Simulated annealing (SA), también llamado temple simulado, recocido simulado, cristalización simulada o enfriamiento simulado, es un algoritmo de búsqueda metaheurística para problemas de optimización global; el objetivo general de este tipo de algoritmos es encontrar una buena aproximación al valor óptimo de una función en un espacio de búsqueda grande.
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Algoritmo genético
Un algoritmo es una serie de pasos organizados que describe el proceso que se debe seguir, para dar solución a un problema específico.
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Algoritmo Needleman-Wunsch
El algoritmo de Needleman-Wunsch sirve para realizar alineamientos globales de dos secuencias.
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Algoritmo Smith-Waterman
El algoritmo de Smith-Waterman es una reconocida estrategia para realizar alineamiento local de secuencias biológicas (ADN, ARN o proteínas); es decir que determina regiones similares entre un par de secuencias.
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Alineamiento múltiple de secuencias
Un alineamiento múltiple de secuencias (Multiple sequence alignment MSA, por sus siglas en inglés) es un alineamiento de tres o más secuencias biológicas, generalmente proteínas, ADN o ARN.
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Aminoácido
Un aminoácido (a veces abreviado como AA), es una molécula orgánica con un grupo amino (-NH2) y un grupo carboxilo (-COOH) en un extremo.
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Ancestro común más reciente
El ancestro común más reciente o ACMR (en inglés MRCA: Most Recent Common Ancestor) de cualquier grupo de organismos es el individuo más reciente del cual todos los organismos del grupo son descendientes directos.
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Apilamiento
En química supramolecular, el apilamiento se refiere a un ordenamiento en pila, frecuentemente de moléculas aromáticas, que es adoptado debido a interacciones interatómicas.
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Ácido desoxirribonucleico
El ácido desoxirribonucleico —conocido por las siglas ADN— es un ácido nucleico que contiene las instrucciones genéticas usadas en el desarrollo y funcionamiento de todos los organismos vivos y algunos virus (los virus ADN); también es responsable de la transmisión hereditaria.
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Ácido ribonucleico
El ácido ribonucleico (ARN) es un ácido nucleico formado por una cadena de ribonucleótidos.
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Árbol filogenético
Un árbol filogenético es un esquema arborescente que muestra las relaciones evolutivas entre varias especies u otras entidades que se cree que tienen una ascendencia común.
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Bioinformática
La bioinformática puede definirse, de manera general, como la aplicación de tecnologías computacionales y la estadística a la gestión y análisis de datos biológicos.
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BLAST
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un algoritmo y programa informático de alineamiento de secuencias de tipo local, ya sea de ADN, ARN o de proteínas.
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BLOSUM
BLOSUM (BLOcks of Amino Acid SUbstitution Matrix, o matriz de sustitución de bloques de aminoácidos) es una matriz de sustitución utilizada para el alineamiento de secuencias de proteínas.
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Catálisis
La catálisis es el proceso por el cual se aumenta la velocidad de una reacción química, debido a la participación de una sustancia llamada catalizador; aquellas que desactivan la catálisis son denominados inhibidores.
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Código abierto
El código abierto es un modelo de desarrollo de ''software'' basado en la colaboración abierta.
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Clustal
Clustal es una familia de programas informáticos ampliamente utilizados para realizar alineamientos múltiples de secuencias.
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Coalescencia
La coalescencia es la posibilidad de que dos o más materiales se unan en un único cuerpo.
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Codón
La información genética, en el ARN, se escribe a partir de tres letras, que corresponden a las bases nitrogenadas (A, C, G y U), formando largas sucesiones de tripletes (conjunto de tres nucleótidos adyacentes).
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Cristalografía de rayos X
La cristalografía de rayosX es una técnica experimental para el estudio y análisis de materiales, basada en el fenómeno de difracción de los rayos X por sólidos en estado cristalino.
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Diagonal principal
En álgebra lineal, la diagonal principal de una matriz cuadrada contiene los elementos situados desde a_ \, hasta a_ \,.
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EMBOSS
EMBOSS es una suite bioinformática de tipo open source creada por EMBnet que es empleada fundamentalmente en biología molecular y genética.
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Enzima
Las enzimas son moléculas orgánicas que actúan como catalizadores de reacciones químicas, es decir, aceleran la velocidad de reacción.
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Espectroscopía de resonancia magnética nuclear
La espectroscopía de resonancia magnética nuclear (RMN) es una técnica empleada principalmente en la elucidación de estructuras moleculares, aunque también se puede emplear con fines cuantitativos y en estudios cinéticos y termodinámicos.
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Estructura primaria de las proteínas
La estructura primaria es la secuencia de aminoácidos de una cadena polipeptídica.
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Estructura secundaria de las proteínas
La estructura secundaria de las proteínas es el plegamiento regular local entre residuos aminoacídicos cercanos de la cadena polipeptídica.
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Estructura terciaria de las proteínas
La estructura terciaria de las proteínas se forma sobre la disposición de la estructura secundaria de un polipéptido al plegarse sobre sí misma originando una conformación globular, la cual se mantiene estable debido a la existencia de enlaces entre los radicales R de los aminoácidos.
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Evolución biológica
La evolución biológica es el conjunto de cambios en caracteres fenotípicos y genéticos de poblaciones biológicas a través de generaciones.
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Evolución convergente
La evolución convergente, convergencia evolutiva, o simplemente convergencia, se da cuando dos estructuras similares han evolucionado independientemente a partir de estructuras ancestrales distintas y por procesos de desarrollo muy diferentes, como la evolución del vuelo en los pterosaurios, las aves y los murciélagos.
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FASTA
FASTA es un paquete de software para el alineamiento de secuencias de ADN y proteínas inicialmente descrito como FASTP por David J. Lipman y William R. Pearson en 1985.
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Filogenia
La filogenia es la relación de parentesco entre especies o taxones en general.
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Fraternidad Sacerdotal de San Pedro
La Fraternidad Sacerdotal de San Pedro (Latín: Fraternitas Sacerdotalis Sancti Petri; abreviado: F.S.S.P.) es una Sociedad de vida apostólica para sacerdotes y seminaristas en plena comunión con la Santa Sede.
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Gen
Un gen es una unidad de información en un locus de ácido desoxirribonucleico (ADN) que codifica un producto génico, ya sea proteínas o ARN.
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GenBank
GenBank es la base de datos de secuencias genéticas del NIH (National Institutes of Health de Estados Unidos), una colección de disponibilidad pública de secuencias de ADN.
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Genoma
El genoma es la secuencia total de ADN que posee un organismo en particular.
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Heurística
La heurística (del griego εὑρίσκειν), que significa «hallar, inventar» (el pretérito perfecto de este verbo es eureka), aparece en más de una categoría gramatical.
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Hidrófobo
En fisicoquímica, la hidrofobicidad es la propiedad física de una molécula que es aparentemente repelida de una masa de agua.
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Indel
La palabra indel es una contracción de "inserción o deleción", en referencia a los dos tipos de mutaciones genéticas que se consideran a menudo juntas a causa de su efecto similar y la incapacidad de distinguir entre ellas en una comparación de dos secuencias.
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Lingüística
La lingüística (del francés linguistique; este de linguiste ‘lingüista’ y aquel del latín lingua ‘lengua’) es el estudio científico del origen, la evolución y la estructura del lenguaje, a fin de deducir las leyes que rigen las lenguas (antiguas y modernas).
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Lingüística comparativa
La lingüística comparativa o lingüística histórica comparada (anteriormente "filología comparada") es una rama y técnica utilizada en la lingüística histórica que se ocupa de comparar lenguas para establecer su relación histórica.
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Logo de secuencias
En bioinformática, un logo de secuencias es una representación gráfica de la conservación de una secuencia de nucleótidos (en una cadena de ADN o de ARN), o de aminoácidos (en secuencias de proteínas).
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Marco abierto de lectura
En genética, se llama marco abierto de lectura o marco de lectura abierta (ORF, del inglés open reading frame) a la secuencia de ARN comprendida entre un codón de inicio (AUG) de la traducción y un codón de terminación, descontando las secuencias que corresponden a los intrones, en caso de haberlas.
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Margaret Oakley Dayhoff
Margaret Belle (Oakley) Dayhoff (11 de marzo de 1925 - 5 de febrero de 1983) fue una fisicoquímica estadounidense y pionera en el campo de la bioinformática.
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Matriz (matemática)
En matemática, una matriz es un conjunto bidimensional de números.
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Matriz de sustitución
En biología evolutiva una matriz de sustitución, o de puntuación, describe el ritmo al que un carácter en una secuencia cambia a otro carácter con el tiempo.
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Mecanismo de reacción
Un mecanismo de reacción es un postulado teórico que intenta explicar de manera lógica cuáles son las reacción(es) elemental(es) e intermediarios que suceden en una reacción química y que permiten explicar las características cualitativas (desarrollo de color, aparición de precipitados, etc.) y cuantitativas (una de las más importantes la velocidad de reacción) observadas en su desarrollo.
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Memoria (informática)
En informática, la memoria es el dispositivo que retiene, memoriza o almacena datos informáticos durante algún periodo de tiempo.
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Modelo oculto de Márkov
Un modelo oculto de Márkov o HMM (por sus siglas del inglés, Hidden Markov Model) es un modelo estadístico en el que se asume que el sistema a modelar es un proceso de Márkov de parámetros desconocidos.
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Mutación por desplazamiento del marco de lectura
Una mutación por desplazamiento, desfase, corrimiento o cambio del marco de lectura (también conocida como error de marco o cambio de marco) es un tipo de mutación causado por la inserción o deleción de un número de nucleótidos que no es múltiplo de tres en una secuencia de ADN.
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Mutación silenciosa
Las mutaciones silenciosas son mutaciones en el ADN que no tienen un efecto observable en el fenotipo del organismo.
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NP-completo
En teoría de la complejidad computacional, la clase de complejidad NP-completo es el subconjunto de los problemas de decisión en NP tal que todo problema en NP se puede reducir en cada uno de los problemas de NP-completo.
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NP-hard
En teoría de la complejidad computacional, la clase de complejidad NP-hard (o NP-complejo, o NP-difícil) es el conjunto de los problemas de decisión que contiene los problemas H tales que todo problema L en NP puede ser transformado polinomialmente en H. Esta clase puede ser descrita como aquella que contiene a los problemas de decisión que son como mínimo tan difíciles como un problema de NP.
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Nucleótido
Los nucleótidos son moléculas pequeñas sintetizadas por todos los organismos vivos, que están formadas por la unión de tres elementos: una base nitrogenada, un azúcar simple y un grupo fosfato.
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Optimización (matemática)
En matemáticas, estadística, economía, ciencias empíricas y ciencia de la computación, la optimización (también, optimización matemática o programación matemática) es la selección del mejor elemento (con respecto a algún criterio) de un conjunto de elementos disponibles.
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Optimización global
Optimización Global es una rama de la matemática aplicada y el análisis numérico que se ocupa de la optimización de una función o un conjunto de funciones de acuerdo a diferentes criterios.
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Point accepted mutation
El conjunto de matrices PAM, o Point Accepted Mutation (del inglés, mutación puntual aceptada), también Percent Accepted Mutation, y también matriz de datos de mutación de Dayhoff o MD, es un conjunto de matrices de mutación de péptidos, o matrices de sustitución, calculado por Margaret Dayhoff a finales de los años 70 del pasado siglo, en lo que se convertiría en un trabajo determinante en el campo de la bioinformática.
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Predicción de la estructura de las proteínas
La predicción de la estructura de las proteínas es la predicción o cálculo de la estructura tridimensional de una proteína desde su secuencia de aminoácidos, es decir, la predicción de sus estructuras secundaria y terciaria desde su estructura primaria.
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Probabilidad
La probabilidad es una medida de la certidumbre de que ocurra un evento.
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Procesamiento de lenguajes naturales
El procesamiento de(l) lenguaje natural o de lengua(je)s naturales, abreviado PLN (o NLP por sus siglas en inglés), es un campo de las ciencias de la computación, de la inteligencia artificial y de la lingüística que estudia las interacciones entre las computadoras y el lenguaje humano, así como los detalles computacionales de las lenguas naturales.
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Programación dinámica
En informática, la programación dinámica es un método para reducir el tiempo de ejecución de un algoritmo mediante la utilización de subproblemas superpuestos y subestructuras óptimas.
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Proteína
Las proteínas o prótidos son macromoléculas formadas por cadenas lineales de aminoácidos.
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Protein Data Bank
Protein Data Bank (PDB) (Banco de Datos de Proteínas) es una base de datos de la estructura tridimensional de las proteínas y ácidos nucleicos.
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Raíz del error cuadrático medio
La raíz del error cuadrático medio (RECM) o raíz de la desviación cuadrática media (RDCM) (en inglés: root-mean-square deviation, RMSD, o root-mean-square error, RMSE) es una medida de uso frecuente de las diferencias entre los valores (valores de muestra o de población) predichos por un modelo o un estimador y los valores observados.
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Reloj molecular
En genética, el reloj molecular es una técnica para datar la divergencia de dos especies.
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Reparación del ADN
La reparación del ADN es un conjunto de procesos por los cuales una célula identifica y corrige daños hechos a las moléculas de ADN que codifican el genoma.
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Secuencia conservada
Secuencias conservadas son secuencias biológicas similares o idénticas que pueden encontrarse en ácidos nucleicos, proteínas o polisacáridos, dentro de múltiples especies de organismos o dentro de diferentes moléculas producidas por el mismo organismo.
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Selección natural
La selección natural es un proceso evolutivo que fue descrito por Charles Darwin en su libro El origen de las especies e inspirado en las ideas del Ensayo sobre el principio de la población de Thomas Malthus que establece la supervivencia del más apto o la preponderancia de la ley del más fuerte en un medio natural sin intervención externa, por lo que los individuos menos aptos o más débiles perecen y sus rasgos no se transmiten a las generaciones siguientes al no reproducirse, en contraposición al concepto de selección artificial donde sí existe una intervención directa, por el humano, con el propósito de mejorar los rasgos de los individuos manipulándolos a voluntad.
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Serie temporal
Una serie temporal o cronológica es una sucesión de datos medidos en determinados momentos y ordenados cronológicamente.
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Sitio activo
El sitio o centro activo es la zona de la enzima en la que se une el sustrato para ser catalizado.
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T-Coffee
En bioinformática, T-Coffee (del inglés Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation; en español: función objetivo de coherencia basada en árbol para evaluación de alineamientos) es un software para el alineamiento múltiple de secuencias, utilizando un enfoque progresivo.
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