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Dinámica molecular

Índice Dinámica molecular

La dinámica molecular (DM) es una técnica de simulación por computadora en la que se permite que átomos y moléculas interactúen por un período, permitiendo una visualización del movimiento de las partículas.

54 relaciones: Adun, Algoritmo, Biofísica, Campo (física), CHARMM, Ciencia de materiales, Ciencias de la computación, Colectividad canónica, Colectividad microcanónica, Cristalografía, Cristalografía de rayos X, Dinámica, Distribución normal, Ecuación de Langevin, Electrostática, Enlace (química), Espacio fásico, Espectroscopia, Estado excitado, Física, Física teórica, Folding@home, Fuerza intermolecular, Fuerzas de Van der Waals, GROMACS, Integración de Verlet, Leyes de Newton, Ludwig Boltzmann, Matemáticas, Materia (física), Mecánica clásica, Mecánica cuántica, Modelado molecular, Molécula, NAMD, Número de partículas, Pierre-Simon Laplace, PlayStation 3, Plegamiento de proteínas, Potencial de Lennard-Jones, Proteína, Química, Química computacional, Química cuántica, Reacción química, Resonancia magnética nuclear, Richard Feynman, Simulación (informática), Sistema complejo, Supercomputadora, ..., Teoría de la información, Termostato Nosé-Hoover, Trayectoria, Universidad Pompeu Fabra. Expandir índice (4 más) »

Adun

Alto Templario Adun de los Protoss en el videojuego StarCraft.

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Algoritmo

En matemáticas, lógica, ciencias de la computación y disciplinas relacionadas, un algoritmo (probablemente del latín tardío algorithmus, y este del árabe clásico ḥisābu lḡubār, que significa «cálculo mediante cifras arábigas») es un conjunto de instrucciones o reglas definidas y no-ambiguas, ordenadas y finitas que permite, típicamente, solucionar un problema, realizar un cómputo, procesar datos y llevar a cabo otras tareas o actividades.

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Biofísica

La biofísica es la ciencia que estudia la biología con los principios y métodos de la física para describir los fenómenos físicos del actuar de las células y organismos vivos.

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Campo (física)

En física, un campo representa la distribución espacio-temporal de una magnitud física; es decir, es una propiedad que puede medirse en el entorno de cada punto de una región del espacio para cada instante del tiempo.

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CHARMM

CHARMM (Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics) es el nombre de un conjunto de campos de fuerza de mecánica molecular así como el nombre de un popular paquete para realizar y analizar simulaciones de dinámica molecular.

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Ciencia de materiales

La ciencia de materiales es la disciplina científica encargada de investigar la relación entre la estructura y las propiedades de los materiales.

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Ciencias de la computación

Las ciencias de la computación estudian los fundamentos teóricos de la información y el cómputo, junto con técnicas prácticas para la implementación y aplicación de estos fundamentos teóricos.

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Colectividad canónica

La colectividad canónica (también llamada colectivo canónico o ensamble canónico) es el formalismo de la física estadística que permite describir los estados de un sistema macroscópico con un número de partículas, volumen y temperatura determinados.

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Colectividad microcanónica

La colectividad microcanónica, o colectivo microcanónico, es un formalismo de la física estadística empleado en el estudio de sistemas macroscópicos aislados en equilibrio, en los que la energía permanece constante, al no existir intercambio con el medio exterior.

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Cristalografía

La cristalografía es la ciencia que estudia los cristales.

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Cristalografía de rayos X

La cristalografía de rayosX es una técnica experimental para el estudio y análisis de materiales, basada en el fenómeno de difracción de los rayos X por sólidos en estado cristalino.

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Dinámica

La dinámica es la rama de la física que describe la evolución en el tiempo de un sistema físico en relación con los motivos o causas que provocan los cambios de estado físico o estado de movimiento.

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Distribución normal

En estadística y probabilidad se llama distribución normal, distribución de Gauss, distribución gaussiana, distribución de Laplace-Gauss o normalidad estadística a una de las distribuciones de probabilidad de variable continua que con más frecuencia aparece en estadística y en la teoría de probabilidades.

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Ecuación de Langevin

En física, la ecuación de Langevin (llamada así por Paul Langevin) es una ecuación diferencial estocástica que describe la evolución temporal de un subconjunto de los grados de libertad.

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Electrostática

La electrostática es la rama de la física que analiza los efectos mutuos que se producen entre los cuerpos como consecuencia de sus cargas eléctricas, es decir, el estudio de las cargas eléctricas en equilibrio.

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Enlace (química)

En química, un enlace es el proceso químico generado por las interacciones atractivas entre átomos y moléculas, y que confiere estabilidad a los compuestos químicos diatómicos y poliatómicos.

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Espacio fásico

En mecánica clásica, el espacio fásico, espacio de fases o diagrama de fases es una construcción matemática que permite representar el conjunto de posiciones y para sus respectivos momentos.

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Espectroscopia

La espectroscopia o espectroscopía es el estudio de la interacción entre la radiación electromagnética y la materia, con absorción o emisión de energía radiante.

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Estado excitado

En mecánica cuántica, un estado excitado de un sistema (como un electrón, núcleo atómico, átomo, o molécula) es cualquier estado cuántico, que gozando de una mayor energía que el estado fundamental, es decir, más energía que el mínimo absoluto, "decae espontáneamente" evolucionando hacia el estado fundamental.

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Física

La física (del latín physica, y este del griego antiguo φυσικός physikós «natural, relativo a la naturaleza») es la ciencia natural que estudia la naturaleza de los componentes y fenómenos más fundamentales del Universo como lo son la energía, la materia, la fuerza, el movimiento, el espacio-tiempo, las magnitudes físicas, las propiedades físicas y las interacciones fundamentales.

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Física teórica

La física teórica es la rama de la física que elabora teorías y modelos usando el lenguaje matemático con el fin de explicar y comprender fenómenos físicos, aportando las herramientas necesarias no solo para el análisis sino para la predicción del comportamiento de los sistemas físicos.

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Folding@home

Folding@home es un proyecto de computación distribuida diseñado para usar los recursos de computadores personales para realizar simulaciones de plegamiento proteico relevantes a enfermedades y otras dinámicas moleculares, y para mejorar los métodos de ello.

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Fuerza intermolecular

Fuerza intermolecular se refiere a las interacciones que existen entre las moléculas conforme a su naturaleza.

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Fuerzas de Van der Waals

En fisicoquímica, las fuerzas de Van der Waals o interacciones de Van der Waals son las fuerzas atractivas o repulsivas entre moléculas distintas a aquellas debidas a un enlace intramolecular (enlace iónico, enlace metálico y enlace covalente de tipo reticular) o a la interacción electrostática de iones con moléculas neutras.

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GROMACS

GROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulations) es un programa de alto rendimiento, de código abierto, multiplataforma utilizado para realizar la simulación de la dinámica molecular de sistemas con cientos de millones de partículas.

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Integración de Verlet

El algoritmo de Verlet es un procedimiento para la integración numérica de ecuaciones diferenciales ordinarias de segundo orden con valores iniciales conocidos (problema de Cauchy).

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Leyes de Newton

Las leyes de Newton, también conocidas como leyes del movimiento de Newton, son tres principios a partir de los cuales se explican una gran parte de los problemas planteados en mecánica clásica, en particular aquellos relativos al movimiento de los cuerpos, que revolucionaron los conceptos básicos de la física y el movimiento de los cuerpos en el universo.

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Ludwig Boltzmann

Ludwig Eduard Boltzmann (Viena, 20 de febrero de 1844-Duino, 5 de septiembre de 1906) fue un físico austríaco pionero de la mecánica estadística, a quien debe su nombre la llamada constante de Boltzmann, concepto fundamental de la termodinámica, y que halló la expresión matemática de la entropía desde el punto de vista de la probabilidad (la relación entre estados macroscópicos y microscópicos).

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Matemáticas

Las matemáticas, o también la matemática, La palabra «matemáticas» no está en el Diccionario de la Real Academia Española.

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Materia (física)

El término materia tradicionalmente se refirió a la sustancia de la que todos los objetos están hechos, es decir, todo lo que tiene masa y volumen.

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Mecánica clásica

La mecánica clásica es la rama de la física que estudia las leyes del comportamiento de cuerpos físicos macroscópicos (a diferencia de la mecánica cuántica) en reposo y a velocidades pequeñas comparadas con la velocidad de la luz.

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Mecánica cuántica

La mecánica cuántica es la rama de la física que estudia la naturaleza a escalas espaciales pequeñas, los sistemas atómicos, subatómicos, sus interacciones con la radiación electromagnética y otras fuerzas, en términos de cantidades observables.

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Modelado molecular

El modelado molecular o simulación molecular es un término general que engloba métodos teóricos y técnicas computacionales para modelar, imitar y predecir el comportamiento de las moléculas.

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Molécula

En química, una molécula (del nuevo latín molecula, que es un diminutivo de la palabra moles, 'masa') es un grupo eléctricamente neutro y suficientemente estable de al menos dos átomos en una configuración definida, unidos por enlaces químicos fuertes covalentes.

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NAMD

NAMD (Not (just) Another Molecular Dynamics program) es un software para dinámica molecular en paralelo diseñado para simulaciones de alto desempeño de sistemas biomoleculares.

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Número de partículas

El número de partículas de un sistema termodinámico, indicado de manera convencional con la letra N, es la cantidad numérica de partículas que constituyen ese sistema.

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Pierre-Simon Laplace

Pierre-Simon Laplace (Beaumont-en-Auge, Normandía, Francia, 23 de marzo de 1749-París, 5 de marzo de 1827) fue un astrónomo, físico y matemático francés.

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PlayStation 3

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Plegamiento de proteínas

El plegamiento de proteínas es el proceso expedito, termodinámicamente no espontáneo (reversible) por el que una proteína soluble alcanza su estructura tridimensional.

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Potencial de Lennard-Jones

Un par de átomos o moléculas neutros están sujetos a dos fuerzas distintas en el límite de una gran separación y de una pequeña separación: una fuerza atractiva actúa a grandes distancias (fuerzas de dispersión) y una fuerza repulsiva actuando a pequeñas distancias (el resultado de la sobreposición de los orbitales electrónicos, conocido como la repulsión de Pauli).

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Proteína

Las proteínas o prótidos son macromoléculas formadas por cadenas lineales de aminoácidos.

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Química

La química es la ciencia natural que estudia la composición, estructura y propiedades de la materia, ya sea en forma de elementos, especies, compuestos, mezclas u otras sustancias, así como los cambios que estas experimentan durante las reacciones y su relación con la energía química.

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Química computacional

La química computacional es una rama de la química que utiliza modelos computacionales para ayudar a estudiar y resolver problemas químicos a través de la aplicación de técnicas y simulaciones computacionales de sistemas moleculares.

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Química cuántica

La química cuántica es una rama de la química teórica donde se aplica la mecánica cuántica y la teoría cuántica de campos.

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Reacción química

Una reacción química, también llamada cambio químico o fenómeno químico, es todo proceso termodinámico en el cual dos o más especies químicas o sustancias (llamadas reactantes o reactivos), se transforman, cambiando su estructura molecular y sus enlaces, en otras sustancias llamadas productos.

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Resonancia magnética nuclear

La resonancia magnética nuclear (RMN) es un fenómeno físico basado en las propiedades mecánico-cuánticas de los núcleos atómicos.

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Richard Feynman

Richard Phillips Feynman (Queens, Nueva York; 11 de mayo de 1918-Los Ángeles, California; 15 de febrero de 1988) fue un físico teórico estadounidense conocido por sus trabajos en la formulación por integrales de camino en la mecánica cuántica, la teoría de la electrodinámica cuántica y la física de la superfluidez del helio líquido subenfriado, así como en la física de partículas, campo en el que propuso el modelo Partón.

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Simulación (informática)

Una simulación informática (también conocida como simulación por ordenador, modelo de simulación por computadora o un modelo informatizado) es un programa informático o una red de ordenadores cuyo fin es crear una simulación de un modelo abstracto de un determinado sistema.

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Sistema complejo

Un sistema complejo está compuesto por varias partes interconectadas o entrelazadas cuyos vínculos crean información adicional no visible ante el observador como resultado de las interacciones entre elementos.

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Supercomputadora

Supercomputadora, supercomputador o superordenador es un dispositivo informático con capacidades de cálculo superiores a las computadoras comunes y de escritorio, ya que son usadas con fines específicos.

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Teoría de la información

La teoría de la información, también conocida como teoría matemática de la comunicación (Inglés: mathematical theory of communication) o teoría matemática de la información, es una propuesta teórica presentada por Claude E. Shannon y Warren Weaver a finales de la década de los años 1940.

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Termostato Nosé-Hoover

El termóstato Nosé–Hoover es un método determinista para mantener la temperatura alrededor de un promedio en dinámica molecular.

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Trayectoria

En cinemática, trayectoria es el lugar geométrico de las posiciones sucesivas por las que pasa un cuerpo en su movimiento.

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Universidad Pompeu Fabra

La Universidad Pompeu Fabra (UPF) es una universidad pública española ubicada en la ciudad de Barcelona.

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