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Filogenética computacional

Índice Filogenética computacional

La filogenética computacional es la aplicación de algoritmos computacionales, en métodos y programas de análisis filogenético.

56 relaciones: Algoritmo, Alineamiento de secuencias, Alineamiento múltiple de secuencias, Aminoácido, Ácido desoxirribonucleico, Ácido ribonucleico, Árbol filogenético, Bacteria, Bootstrapping, Cadena de Márkov, Cambridge University Press, Cladística, Codón, Deleción (genética), Distancia genética, Distribución de probabilidad, Especiación, Especie, Evolución convergente, Fenotipo, Filogenia, Gen, Genoma, Grupo de control, Guillermo de Ockham, Húmero, Heurística, Hominidae, Homología (biología), Imputación (estadística), Inferencia bayesiana, Inferencia bayesiana en filogenia, Inserción (genética), Matriz (matemática), Matriz de distancias, Máxima verosimilitud, Método de Montecarlo, Morfología (biología), Mutación, Navaja de Ockham, Nodo, NP-completo, NP-hard, Nucleótido, Optimización (matemática), Optimización global, Oxford University Press, Proceso estocástico, Programación dinámica, Proteína, ..., Ramificación y poda, Reloj molecular, Sistemática, Soportes de árboles filogenéticos, Taxón, Transferencia genética horizontal. Expandir índice (6 más) »

Algoritmo

En matemáticas, lógica, ciencias de la computación y disciplinas relacionadas, un algoritmo (probablemente del latín tardío algorithmus, y este del árabe clásico ḥisābu lḡubār, que significa «cálculo mediante cifras arábigas») es un conjunto de instrucciones o reglas definidas y no-ambiguas, ordenadas y finitas que permite, típicamente, solucionar un problema, realizar un cómputo, procesar datos y llevar a cabo otras tareas o actividades.

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Alineamiento de secuencias

Un alineamiento de secuencias en bioinformática es una forma de representar y comparar dos o más secuencias o cadenas de ADN, ARN, o estructuras primarias proteicas para resaltar sus zonas de similitud, que podrían indicar relaciones funcionales o evolutivas entre los genes o proteínas consultados.

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Alineamiento múltiple de secuencias

Un alineamiento múltiple de secuencias (Multiple sequence alignment MSA, por sus siglas en inglés) es un alineamiento de tres o más secuencias biológicas, generalmente proteínas, ADN o ARN.

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Aminoácido

Un aminoácido (a veces abreviado como AA), es una molécula orgánica con un grupo amino (-NH2) y un grupo carboxilo (-COOH) en un extremo.

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Ácido desoxirribonucleico

El ácido desoxirribonucleico —conocido por las siglas ADN— es un ácido nucleico que contiene las instrucciones genéticas usadas en el desarrollo y funcionamiento de todos los organismos vivos y algunos virus (los virus ADN); también es responsable de la transmisión hereditaria.

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Ácido ribonucleico

El ácido ribonucleico (ARN) es un ácido nucleico formado por una cadena de ribonucleótidos.

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Árbol filogenético

Un árbol filogenético es un esquema arborescente que muestra las relaciones evolutivas entre varias especies u otras entidades que se cree que tienen una ascendencia común.

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Bacteria

Las bacterias son microorganismos procariotas que presentan un tamaño de unos pocos micrómetros (por lo general entre 0,5 y 5 μm de longitud) y diversas formas, incluyendo esferas (cocos), barras (bacilos), filamentos curvados (vibrios) y helicoidales (espirilos y espiroquetas).

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Bootstrapping

El término inglés bootstrapping puede referirse a.

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Cadena de Márkov

En la teoría de la probabilidad, se conoce como cadena de Márkov o modelo de Márkov a un tipo especial de proceso estocástico discreto en el que la probabilidad de que ocurra un evento depende solamente del evento inmediatamente anterior.

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Cambridge University Press

Cambridge University Press (conocida en inglés coloquialmente como CUP) es una editorial que recibió su Royal Charter de la mano de Enrique VIII en 1534, y es considerada una de las dos editoriales privilegiadas de Inglaterra (la otra es la Oxford University Press).

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Cladística

La cladística (del griego κλάδος, klados: «rama») es una rama de la biología que define las relaciones evolutivas entre los organismos basándose en similitudes derivadas.

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Codón

La información genética, en el ARN, se escribe a partir de tres letras, que corresponden a las bases nitrogenadas (A, C, G y U), formando largas sucesiones de tripletes (conjunto de tres nucleótidos adyacentes).

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Deleción (genética)

Una deleción, en genética, es un tipo especial de anomalía estructural cromosómica que consiste en la pérdida de un fragmento de ADN de un cromosoma.

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Distancia genética

La distancia genética es una medida de la diferencia del material genético entre distintas especies y diversos taxones.

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Distribución de probabilidad

En teoría de la probabilidad y estadística, la distribución de probabilidad de una variable aleatoria es una función que asigna a cada suceso definido sobre la variable, la probabilidad de que dicho suceso ocurra.

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Especiación

En biología se denomina especiación al proceso mediante el cual una población de una determinada especie da lugar a otra u otras especies.

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Especie

En taxonomía, se denomina especie (del latín species) a la unidad básica de clasificación biológica.

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Evolución convergente

La evolución convergente, convergencia evolutiva, o simplemente convergencia, se da cuando dos estructuras similares han evolucionado independientemente a partir de estructuras ancestrales distintas y por procesos de desarrollo muy diferentes, como la evolución del vuelo en los pterosaurios, las aves y los murciélagos.

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Fenotipo

En biología y específicamente en genética, se denomina fenotipo a la expresión del genotipo en función de un determinado ambiente.

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Filogenia

La filogenia es la relación de parentesco entre especies o taxones en general.

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Gen

Un gen es una unidad de información en un locus de ácido desoxirribonucleico (ADN) que codifica un producto génico, ya sea proteínas o ARN.

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Genoma

El genoma es la secuencia total de ADN que posee un organismo en particular.

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Grupo de control

Un grupo de control es aquel grupo de participantes de una experimentación o estudio científico que no es intervenido y que no recibe tratamiento, con el fin de comparar los resultados con el grupo experimental.

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Guillermo de Ockham

Guillermo de Ockham, también Occam, Ockam, o varias otras grafías (en inglés: William of Ockham) (c.1285-9 de abril de 1347) fue un filósofo, lógico, teólogo y fraile franciscano inglés, conocido principalmente por ser el representante más destacado de nominalismo frente a las escuelas tomistas y escotistas; y por la Navaja de Ockham, un principio metodológico e innovador, y por sus obras significativas en lógica, medicina y teología.

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Húmero

El húmero (en latín, humerus) es el hueso más largo y proximal del miembro superior (o anterior) en los tétrapodos, incluyendo al ser humano.

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Heurística

La heurística (del griego εὑρίσκειν), que significa «hallar, inventar» (el pretérito perfecto de este verbo es eureka), aparece en más de una categoría gramatical.

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Hominidae

Los homínidos (Hominidae) son una familia de primates hominoideos, que incluyen cuatro géneros y ocho especies vivientes, entre las cuales se hallan los humanos, orangutanes, gorilas, chimpancés y bonobos.

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Homología (biología)

En el estudio comparativo de los seres vivos, la homología es la relación que existe entre dos partes orgánicas diferentes de dos organismos distintos cuando sus determinantes genéticos tienen el mismo origen evolutivo.

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Imputación (estadística)

En estadística, la imputación es la sustitución de valores no informados en una observación por otros.

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Inferencia bayesiana

La inferencia bayesiana es un tipo de inferencia estadística en la que las evidencias u observaciones se emplean para actualizar o inferir la probabilidad de que una hipótesis pueda ser cierta.

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Inferencia bayesiana en filogenia

La inferencia bayesiana en filogenia genera la probabilidad posterior de un parámetro, un árbol filogenético y/o un modelo evolutivo, basada en la probabilidad anterior de ese parámetro y la función de verosimilitud de los datos.

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Inserción (genética)

En genética, una inserción (también llamada mutación de inserción) es la adición de uno o más pares de bases de nucleótidos en una secuencia de ADN.

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Matriz (matemática)

En matemática, una matriz es un conjunto bidimensional de números.

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Matriz de distancias

En matemáticas, ciencias de la computación y teoría de grafos, una matriz de distancias es una matriz cuadrada cuyos elementos representan las distancias entre los puntos, tomados por pares, de un conjunto.

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Máxima verosimilitud

En estadística, la estimación por máxima verosimilitud (conocida también como EMV y, en ocasiones, MLE por sus siglas en inglés) es un método habitual para ajustar un modelo y estimar sus parámetros.

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Método de Montecarlo

El método de Montecarlo es un método no determinista o estadístico numérico, usado para aproximar expresiones matemáticas complejas y costosas de evaluar con exactitud.

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Morfología (biología)

En biología, la morfología es la disciplina encargada del estudio de la estructura de un organismo o taxón y sus componentes o características.

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Mutación

Una mutación es el cambio al azar en la secuencia de nucleótidos o en la organización del ADN (genotipo) o ARN de un ser vivo que produce una variación en las características de este y que no necesariamente se transmite a la descendencia.

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Navaja de Ockham

La navaja de Ockham (a veces escrito Occam u Ockam), principio de economía o principio de parsimonia (lex parsimoniae) es un principio metodológico y filosófico atribuido al fraile franciscano, filósofo y lógico escolástico Guillermo de Ockham (1285-1347), según el cual «en igualdad de condiciones, la explicación más simple suele ser la más probable».

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Nodo

Un nodo es un concepto o idea.

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NP-completo

En teoría de la complejidad computacional, la clase de complejidad NP-completo es el subconjunto de los problemas de decisión en NP tal que todo problema en NP se puede reducir en cada uno de los problemas de NP-completo.

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NP-hard

En teoría de la complejidad computacional, la clase de complejidad NP-hard (o NP-complejo, o NP-difícil) es el conjunto de los problemas de decisión que contiene los problemas H tales que todo problema L en NP puede ser transformado polinomialmente en H. Esta clase puede ser descrita como aquella que contiene a los problemas de decisión que son como mínimo tan difíciles como un problema de NP.

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Nucleótido

Los nucleótidos son moléculas pequeñas sintetizadas por todos los organismos vivos, que están formadas por la unión de tres elementos: una base nitrogenada, un azúcar simple y un grupo fosfato.

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Optimización (matemática)

En matemáticas, estadística, economía, ciencias empíricas y ciencia de la computación, la optimización (también, optimización matemática o programación matemática) es la selección del mejor elemento (con respecto a algún criterio) de un conjunto de elementos disponibles.

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Optimización global

Optimización Global es una rama de la matemática aplicada y el análisis numérico que se ocupa de la optimización de una función o un conjunto de funciones de acuerdo a diferentes criterios.

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Oxford University Press

Oxford University Press (OUP) es la casa editorial de mayor reconocimiento en el Reino Unido y una de las más prestigiosas a nivel mundial.

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Proceso estocástico

En la teoría de la probabilidad, un proceso estocástico es un concepto matemático que sirve para representar magnitudes aleatorias que varían con el tiempo o para caracterizar una sucesión de variables aleatorias (estocásticas) que evolucionan en función de otra variable, generalmente el tiempo.

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Programación dinámica

En informática, la programación dinámica es un método para reducir el tiempo de ejecución de un algoritmo mediante la utilización de subproblemas superpuestos y subestructuras óptimas.

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Proteína

Las proteínas o prótidos son macromoléculas formadas por cadenas lineales de aminoácidos.

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Ramificación y poda

El método de diseño de algoritmos ramificación y poda (también llamado ramificación y acotación) es una variante del backtracking mejorado sustancialmente.

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Reloj molecular

En genética, el reloj molecular es una técnica para datar la divergencia de dos especies.

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Sistemática

La sistemática es un área de la biología encargada de clasificar a las especies a partir de su historia evolutiva (filogenia).

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Soportes de árboles filogenéticos

Los soportes de árboles filogenéticos son unas medidas que proporcionan fiabilidad y robustez a los árboles creados a partir de los métodos de parsimonia, máxima verosimilitud, mínimas distancias y bayesiano.

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Taxón

En biología, un taxón o taxon (del griego τάξις, transliterado como táxis, 'ordenamiento') es un grupo de organismos emparentados, que en una clasificación dada han sido agrupados, asignándole al grupo un nombre en latín, una descripción si es una especie, y un tipo.

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Transferencia genética horizontal

La transferencia genética horizontal (TGH) es el movimiento de material genético entre organismos unicelulares y/o pluricelulares, que no es a través de la transmisión vertical (la transmisión del ADN de padres a su descendencia).

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Filogenetica computacional.

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