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Biología computacional

Índice Biología computacional

La biología computacional es el uso de algoritmos y computadores para facilitar el entendimiento de problemas biológicos.

134 relaciones: Acoplamiento molecular, Agrupamiento jerárquico, Algoritmo, Algoritmo Needleman-Wunsch, Alineamiento de secuencias, Análisis de balance de flujo, Análisis de secuencias, Aprendizaje automático, Ómica, Biocibernética, Biodiversidad, Bioestadística, Biofísica, Bioinformática, Biología, Biología sintética, Biomaterial, Bioquímica, BLAST, Cáncer, Código abierto, Centro de Regulación Genómica, Centro Nacional de Supercomputación, Centro Nacional para la Información Biotecnológica, Chip de ADN, Cinética enzimática, Circuito biológico sintético, Clustal, Computación científica, Computadora, Comunicación celular, Correlación, Cromatina, Dominios asociados topológicamente, Emergencia (filosofía), ENCODE, Enfermedad infecciosa, Enfermedad rara, Enhancer, Ensembl, Enzima, Espectrometría de masas, Estadística, Eukaryota, Expresión génica, Factor de crecimiento epidérmico, Factor de transcripción, Familia (biología), FASTA, Física, ..., Fenotipo, Filogenia, Gen, Genética, Genómica, Genómica comparativa, Genómica computacional, Genómica estructural, GenBank, Genoma de referencia, Glucólisis, Glucosa, Herencia Mendeliana en el Hombre, Histona, Holismo, Inferencia bayesiana, Ingeniería de control, Ingeniería de sistemas, Ingeniería genética, Instituto Broad, Instituto Europeo de Bioinformática, Instituto J. Craig Venter, Instituto Nacional de Bioinformática, Instituto Suizo de Bioinformática, Institutos Nacionales de Salud, Interactómica, InterPro, K-mero, Laboratorio Europeo de Biología Molecular, Ley de masas, Marcador de secuencia expresada, Matemáticas, Máquinas de vectores de soporte, Método de captura de la conformación de los cromosomas, Método de Sanger, Metabolómica, Metabolito, Metilación del ADN, Microarray, Minería de datos, Modelado de redes metabólicas, Modelado molecular, Modificación postraduccional, Motivo de secuencia, Mycoplasma laboratorium, Nucleótido, Nucleic Acids Research, Organización biológica, Pfam, PLOS Computational Biology, PLOS ONE, Predicción de genes, Predicción de la estructura de las proteínas, Procesamiento digital de imágenes, Promotor (genética), Proteína, Proteómica, Protein Data Bank, Proyecto 1000 genomas, Proyecto Genoma Humano, Química, Química computacional, Reconocimiento de patrones, Red biológica, Red neuronal artificial, Reduccionismo, RefSeq, Regulación de la expresión génica, Regulación postranscripcional, Reproducibilidad y repetibilidad, RNA-Seq, Ruta metabólica, SCOP (base de datos), Secuencia reguladora, Secuenciación del ADN, Sistema biológico, Software libre, Traducción (genética), Transcripción genética, Transducción de señal, UCSC Genome Browser, Variación genética humana, Vida artificial, Wellcome Trust Sanger Institute. Expandir índice (84 más) »

Acoplamiento molecular

Acoplamiento molecular o Docking (del inglés, anclarse).

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Agrupamiento jerárquico

En minería de datos, el agrupamiento jerárquico es un método de análisis de grupos puntuales, el cual busca construir una jerarquía de grupos.

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Algoritmo

En matemáticas, lógica, ciencias de la computación y disciplinas relacionadas, un algoritmo (probablemente del latín tardío algorithmus, y este del árabe clásico ḥisābu lḡubār, que significa «cálculo mediante cifras arábigas») es un conjunto de instrucciones o reglas definidas y no-ambiguas, ordenadas y finitas que permite, típicamente, solucionar un problema, realizar un cómputo, procesar datos y llevar a cabo otras tareas o actividades.

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Algoritmo Needleman-Wunsch

El algoritmo de Needleman-Wunsch sirve para realizar alineamientos globales de dos secuencias.

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Alineamiento de secuencias

Un alineamiento de secuencias en bioinformática es una forma de representar y comparar dos o más secuencias o cadenas de ADN, ARN, o estructuras primarias proteicas para resaltar sus zonas de similitud, que podrían indicar relaciones funcionales o evolutivas entre los genes o proteínas consultados.

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Análisis de balance de flujo

El análisis de balance de flujo (ABF) es un método matemático para analizar el metabolismo en un sistema biológico.

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Análisis de secuencias

El análisis de secuencias en biología molecular implica la identificación de la secuencia de nucleótidos en un ácido nucleico, o de aminoácidos en un péptido o proteína.

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Aprendizaje automático

El aprendizaje automático (AA), aprendizaje automatizado, aprendizaje de máquinas o aprendizaje computacional (del inglés, machine learning) es el subcampo de las ciencias de la computación y una rama de la inteligencia artificial, cuyo objetivo es desarrollar técnicas que permitan que las computadoras aprendan.

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Ómica

Ómica es un neologismo derivado del alemán Genom ('Gen' -om '-oma') que en Biología Molecular se utiliza como sufijo para referirse al estudio de la totalidad o del conjunto de algo, como genes, organismos de un ecosistema, proteínas, o incluso las relaciones entre ellos.

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Biocibernética

La biocibernética es otro esquema de denominación (el propio término "cibernética" se originó como reflejo del funcionamiento de los sistemas biológicos) utilizado en la cibernética como descripción de la ciencia biológica entendida en términos tecnológicos, que comprende disciplinas biológicas que se benefician de la aplicación de la cibernética, incluyendo la neurología y los sistemas multicelulares.

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Biodiversidad

La biodiversidad o diversidad biológica es, según el Convenio Internacional sobre la Diversidad Biológica, el término por el que se hace referencia a la amplia variedad de seres vivos sobre la Tierra y lo que sucede con los patrones naturales que la conforman, resultado de miles de millones de años de evolución según procesos naturales y también de la influencia creciente de las actividades del ser humano.

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Bioestadística

La bioestadística es la rama de la estadística aplicada a las ciencias de la vida, como la biología o la medicina, entre otras.

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Biofísica

La biofísica es la ciencia que estudia la biología con los principios y métodos de la física para describir los fenómenos físicos del actuar de las células y organismos vivos.

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Bioinformática

La bioinformática puede definirse, de manera general, como la aplicación de tecnologías computacionales y la estadística a la gestión y análisis de datos biológicos.

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Biología

La biología (del griego βίος «vida», y -λογία «tratado», «estudio» o «ciencia») es la ciencia natural que estudia todo lo relacionado con la vida y lo orgánico, incluyendo los procesos, sistemas, funciones, mecanismos u otros caracteres biológicos subyacentes a los seres vivos en diversos campos especializados que abarcan su morfología, fisiología, filogénesis, desarrollo, evolución, distribución e interacciones en los niveles macroscópico y microscópico.

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Biología sintética

La Biología sintética se define como la síntesis de biomoléculas o ingeniería de sistemas biológicos con funciones nuevas que no se encuentran en la naturaleza.

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Biomaterial

Un biomaterial es cualquier sustancia que ha sido diseñada para interactuar con los sistemas biológicos con un propósito médico, ya sea terapéutico (tratamiento, suplementos, reparación o reemplazo de una función tisular del cuerpo) o de diagnóstico.

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Bioquímica

La bioquímica es una rama de la ciencia que estudia la composición química de los seres vivos, especialmente las proteínas, carbohidratos, lípidos y ácidos nucleicos, además de otras pequeñas moléculas presentes en las células y las reacciones químicas que sufren estos compuestos (metabolismo) que les permiten obtener energía (catabolismo) y generar biomoléculas propias (anabolismo).

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BLAST

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un algoritmo y programa informático de alineamiento de secuencias de tipo local, ya sea de ADN, ARN o de proteínas.

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Cáncer

El término cáncer es el nombre común que recibe un conjunto de enfermedades relacionadas en las que se observa un proceso descontrolado en la división de las células del cuerpo.

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Código abierto

El código abierto es un modelo de desarrollo de ''software'' basado en la colaboración abierta.

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Centro de Regulación Genómica

El Centro de Regulación Genómica (CRG) es un centro de investigación básica creado en diciembre de 2000 por iniciativa del Departamento de Universidades, Investigación y Sociedad de la Información (DURSI) de la Generalidad de Cataluña.

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Centro Nacional de Supercomputación

El Barcelona Supercomputing Center – Centro Nacional de Supercomputación (BSC–CNS) es el centro pionero de la supercomputación en España, ubicado en Barcelona.

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Centro Nacional para la Información Biotecnológica

El Centro Nacional para la Información Biotecnológica (en inglés: National Center for Biotechnology Information) es parte de la Biblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos, una rama de los Institutos Nacionales de Salud (NIH).

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Chip de ADN

Un chip de ADN (del inglés DNA microarray) es una superficie sólida a la cual se une una colección de fragmentos de ADN.

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Cinética enzimática

La cinética enzimática estudia la velocidad de las reacciones químicas que son catalizadas por las enzimas.

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Circuito biológico sintético

Los circuitos biológicos sintéticos son una aplicación de la biología sintética en la cual partes dentro de una célula son diseñadas para desarrollar funciones lógicas, imitando a aquellas observadas en los circuitos electrónicos.

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Clustal

Clustal es una familia de programas informáticos ampliamente utilizados para realizar alineamientos múltiples de secuencias.

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Computación científica

La computación científica o ciencia computacional es el campo de estudio relacionado con la construcción de modelos matemáticos y técnicas numéricas para resolver problemas científicos y problemas de ingeniería.

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Computadora

Computadora, computador u ordenador es una máquina electrónica digital programable que ejecuta una serie de comandos para procesar los datos de entrada, obteniendo convenientemente información que posteriormente se envía a las unidades de salida.

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Comunicación celular

La comunicación celular es la capacidad que tienen todas las células, de intercambiar información fisicoquímica con el medio ambiente y con otras células.

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Correlación

En probabilidad y estadística, la correlación indica la fuerza y la dirección de una relación lineal y la proporcionalidad entre dos variables estadísticas.

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Cromatina

La cromatina es la forma en la que se presenta el ADN en el núcleo celular. Es también la sustancia base de los cromosomas eucarióticos, y corresponde a la asociación de ADN, ARN y proteínas que se encuentran en el núcleo interfásico de las células eucariotas y que constituye el genoma de dichas células. Las proteínas son de dos tipos: las histonas y las proteínas no histónicas. Las unidades básicas de la cromatina son los nucleosomas. Estos se encuentran formados por aproximadamente 146 pares de bases de longitud (el número depende del organismo), asociados a un complejo específico de ocho histonas nucleosómicas (octámero de histonas). Cada partícula tiene una forma de disco, con un diámetro de 11 nm y contiene dos copias de cada una de las cuatro histonas H3, H4, H2A y H2B. Este octámero forma un núcleo proteico, alrededor del cual se enrolla la hélice de ADN (de aproximadamente 1,8 vueltas). Entre cada una de las asociaciones de ADN e histonas existe un ADN libre llamado ADN espaciador, de longitud variable entre 0 y 80 pares de nucleótidos que garantiza flexibilidad a la fibra de cromatina. Este tipo de organización, permite un primer paso de compactación del material genético, y da lugar a una estructura parecida a un "collar de perlas". Posteriormente, un segundo nivel de organización de orden superior lo constituye la "fibra de 30 nm", compuesta por grupos de nucleosomas empaquetados unos sobre otros adoptando disposiciones regulares gracias a la acción de la histona H1. Finalmente, continúa el incremento del empaquetamiento del ADN hasta obtener los cromosomas que se observan en la metafase, este es el máximo nivel de condensación del ADN.

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Dominios asociados topológicamente

Un dominio asociado topológicamente o TAD (por sus siglas en inglés: Topologically Associated Domain) es una región genómica que interactúa consigo misma, lo que significa que las secuencias de ADN dentro de un TAD interactúan físicamente entre sí con más frecuencia que con secuencias fuera del TAD.

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Emergencia (filosofía)

La emergencia o el surgimiento hace referencia a aquellas propiedades o procesos de un sistema no reducibles a las propiedades o procesos de sus partes constituyentes.

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ENCODE

La Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) es un proyecto de investigación pública, cuyo objetivo es identificar elementos funcionales en el genoma humano.

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Enfermedad infecciosa

Una enfermedad infecciosa puede ser la manifestación clínica de una infección provocada por un microorganismo —como bacterias, hongos, virus, a veces protozoos, etc.— o por priones.

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Enfermedad rara

Una enfermedad rara poco frecuente es aquella que afecta a un pequeño número absoluto de personas o a una proporción reducida de la población.

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Enhancer

En genética, un enhancer ("potenciador") o amplificador es una corta región del ADN eucariota que puede unirse con proteínas (factores de transcripción) para aumentar los niveles de transcripción de genes en un grupo de genes.

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Ensembl

Ensembl es un proyecto de investigación bioinformática que trata de "desarrollar un sistema de software que produzca y mantenga anotaciones automáticas en los genomas eucariotas seleccionados".

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Enzima

Las enzimas son moléculas orgánicas que actúan como catalizadores de reacciones químicas, es decir, aceleran la velocidad de reacción.

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Espectrometría de masas

La espectrometría de masas es una técnica de análisis que permite determinar la distribución de las moléculas de una sustancia en función de su masa.

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Estadística

La estadística (la forma femenina del término alemán statistik, derivado a su vez del italiano statista, «hombre de Estado») es la disciplina que estudia la variabilidad, así como el proceso aleatorio que la genera siguiendo las leyes de la probabilidad.

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Eukaryota

En biología y taxonomía, Eukaryota o Eukarya (del griego: εὖ eu —‘bueno’, ‘bien’, 'verdadero'— y κάρυον karyon —‘nuez’, ‘carozo’, ‘núcleo’—) es el dominio (o imperio) que incluye los organismos formados por células con núcleo verdadero.

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Expresión génica

La expresión génica es el proceso por medio del cual todos los organismos, tanto procariotas como eucariotas transforman la información codificada por los ácidos nucleicos en las proteínas necesarias para su desarrollo, funcionamiento y reproducción con otros organismos.

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Factor de crecimiento epidérmico

El factor de crecimiento epidérmico (EGF, más conocido por sus siglas en inglés, «epidermal growth factor»), es una proteína que estimula el crecimiento y la diferenciación celular combinándose con su receptor EGFR.

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Factor de transcripción

En biología molecular y genética, un factor de transcripción (a veces llamado factor de unión a una secuencia específica de ADN) es una proteína que se une a secuencias específicas de ADN, controlando así la transcripción de la información genética de ADN a ARN mensajero.

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Familia (biología)

En biología, la familia es una unidad sistemática y una categoría taxonómica situada entre el orden y el género;.

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FASTA

FASTA es un paquete de software para el alineamiento de secuencias de ADN y proteínas inicialmente descrito como FASTP por David J. Lipman y William R. Pearson en 1985.

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Física

La física (del latín physica, y este del griego antiguo φυσικός physikós «natural, relativo a la naturaleza») es la ciencia natural que estudia la naturaleza de los componentes y fenómenos más fundamentales del Universo como lo son la energía, la materia, la fuerza, el movimiento, el espacio-tiempo, las magnitudes físicas, las propiedades físicas y las interacciones fundamentales.

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Fenotipo

En biología y específicamente en genética, se denomina fenotipo a la expresión del genotipo en función de un determinado ambiente.

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Filogenia

La filogenia es la relación de parentesco entre especies o taxones en general.

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Gen

Un gen es una unidad de información en un locus de ácido desoxirribonucleico (ADN) que codifica un producto génico, ya sea proteínas o ARN.

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Genética

El término genética (del griego antiguo: γενετικός, guennetikós, ‘genetivo’, y este de γένεσις, génesis, ‘origen’; acuñado en 1905 por William Bateson) alude al área de estudio de la biología que busca comprender y explicar cómo se transmite la herencia biológica de generación en generación mediante el ADN.

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Genómica

La genómica es un campo interdisciplinario que estudia la función, estructura, evolución, mapeo y edición del genoma.

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Genómica comparativa

La genómica comparativa estudia las semejanzas y diferencias entre genomas de diferentes organismos.

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Genómica computacional

La genómica computacional se refiere al uso del análisis computacional y estadístico para descifrar la biología de las secuencias del genoma y otros datos relacionados, como las secuencias de ADN y ARN, así como otros datos "post-genómicos" (por ejemplo, datos experimentales obtenidos con tecnologías que requieren la secuencia del genoma, tales como chips de ADN).

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Genómica estructural

La genómica estructural consiste en la determinación de la conformación tridimensional de todas las proteínas codificadas por un genoma dado, con el propósito de facilitar la caracterización funcional de proteínas basada en su secuencia y la obtención de estructuras desconocidas a partir de proteínas con secuencias homólogas de aminoácidos analizadas con esta técnica.

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GenBank

GenBank es la base de datos de secuencias genéticas del NIH (National Institutes of Health de Estados Unidos), una colección de disponibilidad pública de secuencias de ADN.

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Genoma de referencia

Un genoma de referencia (o versión de referencia de un genoma) es una base de datos digital de secuencias de ácidos nucleicos, creado por científicos como ejemplo representativo del conjunto de genes de un organismo idealizado de una especie.

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Glucólisis

La glucólisis (del griego glycos, azúcar y lysis, ruptura, destrucción, transformación) es la ruta metabólica encargada de oxidar la glucosa con la finalidad de obtener energía para la célula.

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Glucosa

La glucosa es un monosacárido con fórmula molecular C6H12O6.

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Herencia Mendeliana en el Hombre

Mendelian Inheritance in Man es una base de datos de genes humanos y trastornos y rasgos genéticos, con un enfoque particular en la relación gen-fenotipo.

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Histona

Las histonas son proteínas básicas, de baja masa molecular, y están muy conservadas (en términos evolutivos) entre los eucariontes.

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Holismo

El holismo (del griego ὅλος: "todo", "por entero", "totalidad") es una posición metodológica y epistemológica que postula cómo los sistemas (ya sean físicos, biológicos, sociales, económicos, mentales, lingüísticos, etc.) y sus propiedades deben ser analizados en su conjunto y no solo a través de las partes que los componen.

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Inferencia bayesiana

La inferencia bayesiana es un tipo de inferencia estadística en la que las evidencias u observaciones se emplean para actualizar o inferir la probabilidad de que una hipótesis pueda ser cierta.

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Ingeniería de control

La ingeniería de control es la disciplina de la ingeniería que aplica la teoría de control para diseñar, planificar y desarrollar dispositivos y sistemas con comportamientos deseados.

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Ingeniería de sistemas

La ingeniería de sistemas es un campo interdisciplinario de la ingeniería que permite estudiar y comprender la realidad, con el propósito de implementar u optimizar sistemas complejos.

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Ingeniería genética

La ingeniería genética es la manipulación y modificación de los genes de un organismo alterando, eliminando o insertando material genético en su genoma por medio de las diferentes tecnologías de edición genética.

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Instituto Broad

El Instituto Broad del MIT y Harvard (The Broad Institute of MIT and Harvard en inglés) es un instituto de investigación dedicado al estudio de genómica para las ciencias biomédicas.

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Instituto Europeo de Bioinformática

Instituto Europeo de Bioinformática (European Bioinformatics Institute o EBI) es un centro de investigación en bioinformática sin ánimo de lucro situado en Hinxton, Cambridge, Reino Unido.

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Instituto J. Craig Venter

El Instituto J. Craig Venter (J. Craig Venter Institute) es un instituto de investigación genómica fundado por J. Craig Venter en octubre de 2006.

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Instituto Nacional de Bioinformática

El Instituto Nacional de Bioinformatica (INB) - en inglés Spanish National Bioinformatics Institute- es una organización de carácter nacional española dedicada a la promoción, desarrollo, investigación y enseñanza de la bioinformática fundado en 2003 que se localiza en la ciudad de Madrid, España.

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Instituto Suizo de Bioinformática

El Instituto Suizo de Bioinformática (English: Swiss Institute of Bioinformatics, SIB) es una fundación académica sin fines de lucro que federa las actividades de la bioinformática en toda Suiza.

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Institutos Nacionales de Salud

Los Institutos Nacionales de Salud (en inglés: National Institutes of Health, NIH) es la agencia principal del gobierno de los Estados Unidos responsable de la biomedicina y la salud pública de investigación.

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Interactómica

La Interactómica es el estudio del conjunto de interacciones entre distintas biomoléculas en un entorno determinado, centrada especialmente en el estudio de interacciones entre proteínas.

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InterPro

InterPro es una plataforma con acceso a base de datos de familias, dominios y sitios funcionales de proteínas en donde las características identificables encontradas en proteínas conocidas pueden ser aplicadas a nuevas secuencias de proteínas.

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K-mero

En bioinformática, los k-meros son subcadenas de la longitud k contenidas dentro de una secuencia biológica.

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Laboratorio Europeo de Biología Molecular

El Laboratorio Europeo de Biología Molecular (en inglés, European Molecular Biology Laboratory) (EMBL) es una organización intergubernamental dedicada a la investigación en biología molecular, que cuenta con el apoyo de 28 Estados miembros, un Estado candidato y un Estado miembro asociado.

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Ley de masas

La ley de masas o ley de acción de masas establece que para una reacción química reversible, en equilibrio a una temperatura constante, debe existir una relación constante entre concentraciones de reactivos y productos.

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Marcador de secuencia expresada

Un marcador de secuencia expresada o EST (acrónimo en inglés: Expressed Sequence Tag) es una pequeña subsecuencia de una secuencia nucleotídica transcrita (codificante de una proteína o no).

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Matemáticas

Las matemáticas, o también la matemática, La palabra «matemáticas» no está en el Diccionario de la Real Academia Española.

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Máquinas de vectores de soporte

Las máquinas de vectores de soporte o máquinas de vector soporte (del inglés support-vector machines, SVM) son un conjunto de algoritmos de aprendizaje supervisado desarrollados por Vladimir Vapnik y su equipo en los laboratorios de AT&T Bell.

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Método de captura de la conformación de los cromosomas

Las técnicas de captura de la conformación de los cromosomas (a menudo abreviados a tecnologías 3C) son un conjunto de métodos de biología molecular utilizados para analizar la organización espacial de cromatina en una célula.

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Método de Sanger

En 1977, Frederick Sanger desarrolló el método de secuenciación de ADN conocido como método de Sanger.

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Metabolómica

La metabolómica es el estudio científico de los procesos químicos que involucran metabolitos.

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Metabolito

Un metabolito es cualquier molécula utilizada, capaz o producida durante el metabolismo.

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Metilación del ADN

La metilación del ADN es un proceso por el cual se añaden grupos metilo al ADN.

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Microarray

Un microarray es un lab-on-a-chip multiplexado.

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Minería de datos

La minería de datos o exploración de datos (es la etapa de análisis de «knowledge discovery in databases» o KDD) es un campo de la estadística y las ciencias de la computación referido al proceso que intenta descubrir patrones en grandes volúmenes de conjuntos de datos.

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Modelado de redes metabólicas

La reconstrucción y simulación de rutas metabólicas permite una visión más detallada de los mecanismos moleculares de un organismo en específico.

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Modelado molecular

El modelado molecular o simulación molecular es un término general que engloba métodos teóricos y técnicas computacionales para modelar, imitar y predecir el comportamiento de las moléculas.

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Modificación postraduccional

La modificación postraduccional de una proteína es un cambio químico ocurrido en esta después de su síntesis por los ribosomas.

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Motivo de secuencia

En biología molecular, un motivo de secuencia es una secuencia corta de nucleótidos que se presume que desempeña una función biológica concreta, puesto que está altamente conservada entre especies.

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Mycoplasma laboratorium

Mycoplasma laboratorium es el nombre que se aplicó a una bacteria generada de manera parcialmente sintética.

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Nucleótido

Los nucleótidos son moléculas pequeñas sintetizadas por todos los organismos vivos, que están formadas por la unión de tres elementos: una base nitrogenada, un azúcar simple y un grupo fosfato.

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Nucleic Acids Research

Nucleic Acids Research (Revista NAR) es una revista científica de acceso abierto con revisión por pares que se publica artículos sobre biología molecular, ácidos nucleicos, como ADN y ARN y trabajos relacionados desde 1974 por la editorial Oxford Prensa Universitaria.

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Organización biológica

La organización biológica o jerarquía de la vida, es la jerarquía de estructuras y sistemas biológicos complejos que definen la vida mediante una aproximación reduccionista.

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Pfam

Pfam es una base de datos que reúne una amplia colección de alineamientos múltiples de secuencias y modelos ocultos de Márkov que cubre buena parte de dominios proteicos y familias comunes.

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PLOS Computational Biology

PLOS Computational Biology (antes PLoS Computational Biology) es una revista publicada en contenido abierto por la Public Library of Science, una organización sin ánimo de lucro, en asociación con la Sociedad Internacional de Biología Informática (International Society for Computational Biology).

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PLOS ONE

PLOS ONE (inicialmente PLoS ONE, PLOS ONE a partir del 2012) es una revista científica publicada por Public Library of Science (PLOS).

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Predicción de genes

Los mecanismos o procesos de predicción de genes (gene prediction en inglés, o también gene finding, literalmente descubrimiento de genes) son aquellos que, dentro del área de la biología computacional, se utilizan para la identificación algorítmica de trozos de secuencia, usualmente ADN genómico, y que son biológicamente funcionales.

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Predicción de la estructura de las proteínas

La predicción de la estructura de las proteínas es la predicción o cálculo de la estructura tridimensional de una proteína desde su secuencia de aminoácidos, es decir, la predicción de sus estructuras secundaria y terciaria desde su estructura primaria.

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Procesamiento digital de imágenes

El procesamiento de imágenes digitales es el conjunto de técnicas que se aplican a las imágenes digitales con el objetivo de mejorar la calidad o facilitar la búsqueda de información.

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Promotor (genética)

En genética un promotor es una región de ADN que controla la iniciación de la transcripción de una determinada porción del ADN a ARN.

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Proteína

Las proteínas o prótidos son macromoléculas formadas por cadenas lineales de aminoácidos.

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Proteómica

La proteómica es el estudio a gran escala de las proteínas.

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Protein Data Bank

Protein Data Bank (PDB) (Banco de Datos de Proteínas) es una base de datos de la estructura tridimensional de las proteínas y ácidos nucleicos.

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Proyecto 1000 genomas

Proyecto 1000 genomas (1KGP) es una iniciativa para analizar el material genético de mil personas en todo el mundo, con la finalidad de obtener una base de datos que permita estudiar la variabilidad genética humana.

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Proyecto Genoma Humano

El Proyecto Genoma Humano (PGH) fue un proyecto internacional de investigación científica con el objetivo fundamental de determinar la secuencia de pares de bases químicas que componen el ADN e identificar y cartografiar todos los genes de un genoma humano promedio desde un punto de vista físico y funcional, incluyendo tanto los genes que codifican proteínas como los que no.

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Química

La química es la ciencia natural que estudia la composición, estructura y propiedades de la materia, ya sea en forma de elementos, especies, compuestos, mezclas u otras sustancias, así como los cambios que estas experimentan durante las reacciones y su relación con la energía química.

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Química computacional

La química computacional es una rama de la química que utiliza modelos computacionales para ayudar a estudiar y resolver problemas químicos a través de la aplicación de técnicas y simulaciones computacionales de sistemas moleculares.

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Reconocimiento de patrones

El reconocimiento de patrones es la ciencia que se ocupa de los procesos sobre ingeniería, computación y matemáticas relacionados con objetos físicos o abstractos, con el propósito de extraer información que permita establecer propiedades de entre conjuntos de dichos objetos.

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Red biológica

Una red biológica es una red aplicada a sistemas biológicos.

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Red neuronal artificial

Las redes neuronales artificiales (también conocidas como sistemas conexionistas) son un modelo computacional evolucionado a partir de diversas aportaciones científicas que están registradas en la historia. Consiste en un conjunto de unidades, llamadas neuronas artificiales, conectadas entre sí para transmitirse señales. La información de entrada atraviesa la red neuronal (donde se somete a diversas operaciones) produciendo unos valores de salida. Cada neurona está conectada con otras a través de unos enlaces. En estos enlaces el valor de salida de la neurona anterior es multiplicado por un valor de peso. Estos pesos en los enlaces pueden incrementar o inhibir el estado de activación de las neuronas adyacentes. Del mismo modo, a la salida de la neurona, puede existir una función limitadora o umbral, que modifica el valor resultado o impone un límite que no se debe sobrepasar antes de propagarse a otra neurona. Esta función se conoce como función de activación. Estos sistemas aprenden y se forman a sí mismos, en lugar de ser programados de forma explícita, y sobresalen en áreas donde la detección de soluciones o características es difícil de expresar con la programación convencional. Para realizar este aprendizaje automático, normalmente, se intenta minimizar una función de pérdida que evalúa la red en su total. Los valores de los pesos de las neuronas se van actualizando buscando reducir el valor de la función de pérdida. Este proceso se realiza mediante la propagación hacia atrás. El objetivo de la red neuronal es resolver los problemas de la misma manera que el cerebro humano, aunque las redes neuronales son más abstractas. Las redes neuronales actuales suelen contener desde unos miles a unos pocos millones de unidades neuronales. Nuevas investigaciones sobre el cerebro a menudo estimulan la creación de nuevos patrones en las redes neuronales. Un nuevo enfoque está utilizando conexiones que se extienden mucho más allá y capas de procesamiento de enlace en lugar de estar siempre localizado en las neuronas adyacentes. Otra investigación está estudiando los diferentes tipos de señal en el tiempo que los axones se propagan, como el aprendizaje profundo, interpola una mayor complejidad que un conjunto de variables booleanas que son simplemente encendido o apagado. Las redes neuronales se han utilizado para resolver una amplia variedad de tareas, como la visión por computador y el reconocimiento de voz, que son difíciles de resolver usando la ordinaria programación basado en reglas. Históricamente, el uso de modelos de redes neuronales marcó un cambio de dirección a finales de los años ochenta de alto nivel, que se caracteriza por sistemas expertos con conocimiento incorporado en si-entonces las reglas, a bajo nivel de aprendizaje automático, caracterizado por el conocimiento incorporado en los parámetros de un modelo cognitivo con algún sistema dinámico.

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Reduccionismo

El reduccionismo es el enfoque filosófico según el cual la reducción es necesaria y suficiente para resolver diversos problemas de conocimiento.

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RefSeq

RefSeq (de The Reference Sequence en Inglés) es la base de datos pública de secuencias de ácidos nucleicos (ADN y ARN) y proteínas, anotadas y curadas, del Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI).

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Regulación de la expresión génica

La regulación génica comprende todos aquellos procesos celulares que aumentan o disminuyen los productos finales de los genes (proteínas o ARN).

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Regulación postranscripcional

La regulación postranscripcional es el control del procesamiento del ARN, por lo tanto se produce entre las etapas de la transcripción genética y de la traducción del gen.

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Reproducibilidad y repetibilidad

La reproducibilidad es la capacidad de un ensayo o experimento de ser reproducido o replicado por otros, en particular, por la comunidad científica.

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RNA-Seq

RNA-seq («secuenciación de ARN»), también llamado Secuenciación del Transcriptoma Entero para Clonación al Azar (del inglés Whole Transcriptome Shotgun Sequencing), utiliza la secuenciación masiva (NGS) para revelar la presencia y cantidad de ARN, en una muestra biológica en un momento dado.

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Ruta metabólica

En bioquímica, una ruta metabólica o vía metabólica es una sucesión de reacciones químicas donde un sustrato inicial se transforma y da lugar a productos finales, a través de una serie de metabolitos intermediarios.

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SCOP (base de datos)

Base de datos de clasificación estructural de proteínas (SCOP Structural Classification Of Protein) es una clasificación en gran parte manual de dominios estructurales de proteínas basada en similitudes de sus estructuras y secuencias de aminoácidos.

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Secuencia reguladora

Una secuencia reguladora (también denominada región reguladora o "elemento regulador") es un segmento de ADN donde las proteínas de unión al ADN, tales como los factores de transcripción, se ligan preferentemente.

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Secuenciación del ADN

La secuenciación del ADN es un conjunto de métodos y técnicas bioquímicas cuya finalidad es la determinación del orden de los nucleótidos (A, C, G y T) en un oligonucleótido de ADN.

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Sistema biológico

Un sistema biológico es una red compleja de entidades biológicamente relevantes que trabajan juntos para llevar a cabo una tarea particular.

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Software libre

El software libre o software de fuentes abiertas es un software cuyo código fuente puede ser estudiado, modificado, y utilizado libremente con cualquier finalidad y redistribuido con cambios o mejoras sobre él.

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Traducción (genética)

La traducción es el segundo proceso de la síntesis proteica (parte del proceso general de la expresión génica) que ocurre en todos los seres vivos.

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Transcripción genética

La transcripción del ADN es el primer proceso de la expresión genética, mediante el cual se transfiere la información contenida en la secuencia del ADN hacia la secuencia de proteína utilizando diversos ARN como intermediarios.

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Transducción de señal

La transducción de señal ocurre cuando una molécula de señalización de fluido extracelular activa un receptor de superficie de la célula.

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UCSC Genome Browser

El UCSC Genome Browser es un navegador genómico en línea y descargable, alojado por la Universidad de California, Santa Cruz (UCSC).

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Variación genética humana

La variación genética humana es la diferencia genética presente en y entre las poblaciones.

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Vida artificial

La vida artificial es un campo de investigación que tiene como objeto de estudio la investigación de la vida y los sistemas artificiales que exhiben propiedades similares a los seres vivos, a través de modelos de simulación.

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Wellcome Trust Sanger Institute

El Wellcome Trust Sanger Institute o Instituto Sanger de Cambridge (anteriormente conocido como The Sanger Centre) es una institución sin ánimo de lucro británica dedicada a la investigación genómica y genética.

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